有机肥效果不佳的原因有很多，主要有两大类，一类是肥料本身的原因，一类是使用方法的原因。 一、肥料本身的原因 1、养分 由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批批不合格产品就这样进入了市场。 2、pH值 在发酵过程中，pH变化较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡。
厩肥、堆肥、沤肥等，堆沤肥是以秸秆、杂草、树叶、泥炭、垃圾以及农村废弃物为主要材料，加入适量的人畜粪尿而沤制成的有机肥，堆沤肥中的有机质在厌氧前提下分解，养分不易挥发，且形成的养分多被土壤吸附，不易流失，肥效长而稳，沼气肥，在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣，是以畜禽粪便、动植物残体、糊口垃圾等富含有机质的固体废弃物为主要原料，并添加一定量的其他辅料和发酵菌剂，通过工厂化方式加工出产而成的肥料。
有机肥还可以改良泥土，增加其保水保肥的能力，有机肥不光是我们在市场上购买的写着有机肥字样的产品，有机肥分为两大类，一类为粗有机肥，一类为商品有机肥，有机肥就是没有深加工的有机肥，它包括禽粪、畜粪、饼类、植物体等，再往下细分，禽粪包括鸟粪，鸡粪等，畜粪包括猪粪，牛粪，羊粪等，饼类包括豆饼，油料，花生饼等，植物体又包括麦秆，稻壳等在农村常见的东西，这些就是粗有机肥，只不外有些简朴，使用需要进行再加工，例如鸟粪和禽粪需要高温腐熟才能用。
