生物菌肥料的优点： 改良土壤 (1)通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生命活动。 (2)快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，且通过有益菌的活动能够疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都得到很好的调节。 (3)分解土壤中的农药残留，避免残留农药对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。
生物菌肥料的优点： 固氮、解磷、解钾功能 能够部分利用空气中的氮，通过有益菌生长代谢产生相应的酶和酸，可对土壤中难溶性的磷、钾肥(土壤中难溶性磷肥占95%，难溶性钾占98%)进行分解，从而成为植物所能吸收的磷钾肥。因此能够大大提高作物对肥料的利用率，从而减少肥料的施用。 提高作物品质。 解磷、解钾的同时，能够促使土壤中微量元素的释放，被作物所利用，同时有益菌代谢产生多种植物所需的物质，如小分子氨基酸、生长刺激物质、维生素等。
厩肥、堆肥、沤肥等，堆沤肥是以秸秆、杂草、树叶、泥炭、垃圾以及农村废弃物为主要材料，加入适量的人畜粪尿而沤制成的有机肥，堆沤肥中的有机质在厌氧前提下分解，养分不易挥发，且形成的养分多被土壤吸附，不易流失，肥效长而稳，沼气肥，在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣，是以畜禽粪便、动植物残体、糊口垃圾等富含有机质的固体废弃物为主要原料，并添加一定量的其他辅料和发酵菌剂，通过工厂化方式加工出产而成的肥料。
