生物菌肥最怕杀菌剂，而不少菜农为防蔬菜根部病害常用杀菌剂灌根，这无疑使刚刚在土壤中定居的生物菌遭受灭顶之灾。另外，大量地冲施化肥对土壤中生物菌的伤害也很大。因此，对于施用生物菌肥的大棚地，应尽量避免使用杀菌剂灌根，少施大量元素水溶肥等化学肥料。
生物菌肥应注意的事项 1、施用时期：生物菌肥不是速效肥，一般作底肥，如果追施，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果好。 2、混合：应注意，不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及草木灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥。
生物菌肥料的优点： (1)通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生命活动。 (2)快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，且通过有益菌的活动能够疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都得到很好的调节。 (3)分解土壤中的农药残留，避免残留农药对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。
