生物菌肥最怕杀菌剂，而不少菜农为防蔬菜根部病害常用杀菌剂灌根，这无疑使刚刚在土壤中定居的生物菌遭受灭顶之灾。另外，大量地冲施化肥对土壤中生物菌的伤害也很大。因此，对于施用生物菌肥的大棚地，应尽量避免使用杀菌剂灌根，少施大量元素水溶肥等化学肥料。
防止肥害发生就要做到合理施肥： 1、合理选用肥料品种，多年生经济作物应以土杂肥，有机肥为主，将化肥和有机肥混合施用，施土杂肥、有机肥既可提供各种营养，又能改良土壤，提高土壤缓冲能力，减少肥害发生。同样是化肥，含氯化肥易发生肥害，现市场上肥料品种繁多，质量参差不弃，广大农户选用时要特别注意。 2、改进施肥方法，冬春基肥应该在树冠外沿开环沟施，沟深、宽各20－30厘米，施后覆土，化肥作追肥施时，宜用水浇施，或雨后土壤湿润时施用。
生物菌肥料的优点： (1)通过有益菌的大量繁殖，大量有益菌在植物的根系周围形成了优势种群，抑制了其他有害菌的生命活动。 (2)快速分解土壤有机物质，促进土壤团粒的形成，且通过有益菌的活动能够疏松土壤，土壤的保肥、供肥、保水、供水及透气性都得到很好的调节。 (3)分解土壤中的农药残留，避免残留农药对下季作物产生药害。还对植物生长过程通过根系排放的有害物质进行分解。
