微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮，达到增产目的。不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌种还可以分泌一些刺激素维生素等以刺激作物生长，使作物健壮，营养状况得到改善。
有机肥含有维生素、抗生素等，可增强农作物抗性， 或防止病害发生。有机肥施入土壤后，可增强土壤的蓄水保水才能，在干旱情况下，能增强作物的抗旱才能。有机肥还可使土壤变得疏松，改进作物根系的生态环境，促进根系的成长，增强根系活力，进步作物耐涝才能，削减植物的逝世率，进步了农产品的生存率。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
