大量施用化肥、农药，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要内容。微生物肥料的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身无毒无害。微生物肥料具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中经济有效的措施。
化肥的实践运用率只要30%～45%。丢失的化肥一部分分化开释到大气中，一部分则随着水土流失掉了，还有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收运用。当施入有机肥后，因为有利生物活动改进了土壤结构，添加了土壤保水保肥才能，从而削减了营养的流失。加上有利微生物解磷解钾效果，能使化肥有效运用率进步到50%以上。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
