有机肥料能够使土壤中的微生物许多繁衍，特别是许多有利的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分化菌等。.这些有利微生物，能分化土壤中的有机物，添加土壤的团粒结构，改进土壤组成。微生物在土壤中的繁衍速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。
有机肥中的有利微生物运用土壤中的有机质，产生次级代谢物，其间含有许多的促成长类物质。如成长素，能促进植物伸长成长，脱落酸能促进果实成熟，赤霉素能促进开花坐果，添加开花数、保果率，进步产值，使果实饱满，色泽鲜嫩，还能提早上市，到达增产增收。
粪肥中含有丰富的有机质和作物所需要的各种营养元素，对增加作物产量和提高土壤肥力具有良好的作用，一直以来都被广泛应用于农业生产中。古时候就流传着“粪多则肥多，肥多则田沃，田沃则谷多”的说法。近年来，随着粪肥不合理的施用现象增多，各种问题也随之而来。
