有机肥可以提高土壤孔隙度、通透性和植物存活率，增加有益菌、土壤微生物和种群。同时，作物根系形成的优势有益菌群可以抑制有害病原菌的繁殖，增强作物的抗逆性和抗病能力，降低重茬作物的病情指数。连续几年的应用可以大大缓解连作障碍。减少环境污染是一种环保肥料，对人、动物、环境安全无毒。
与传统有机肥相比，生物有机肥的应用效果更好，应用范围更广，功能更加多样化。在通过有机肥改良土壤的基础上，进一步激活新添加的有益微生物菌.改良土壤，一次达到改善土壤健康的目的。 生物有机肥的施用与传统有机肥的施用差别不大，但也有一点需要注意。 1.施用时土壤含水量不宜过高。生物菌剂的活性受水的影响很大，尤其是刚施入土壤时，不适当的水分范围对微生物的繁殖和活性有一定的影响。建议使用生物有机肥时，土壤含水量控制在65%以下。 2.不建议与化肥混用。化肥是中性的酸性和碱性肥料。碱性肥料溶解后形成的弱碱性环境对微生物的繁殖和活性有一定的抑制作用，对有机肥的分解和营养释放也有一定的抑制作用。此外，在化肥形成的高盐度水溶液环境中，对微生物也有一定的不利影响。因此，不建议将生物有机肥与化肥混合使用。
生物有机肥的应用更加灵活。生物有机肥中氮、磷、钾含量相对较低，一般在5%左右，养分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有机肥可以作为基肥.种肥.追肥施用不会产生任何不利后果。 因此，虽然生物有机肥是一种新型的有机肥，但其应用与传统的有机肥施用差别不大。只要我们注意到这些点，就会有一定的应用效果。
