有机肥可以提高土壤孔隙度、通透性和植物存活率，增加有益菌、土壤微生物和种群。同时，作物根系形成的优势有益菌群可以抑制有害病原菌的繁殖，增强作物的抗逆性和抗病能力，降低重茬作物的病情指数。连续几年的应用可以大大缓解连作障碍。减少环境污染是一种环保肥料，对人、动物、环境安全无毒。
有机肥可以提供农作物所需的养分，提高土壤养分的有效性。由于农作物每年都要从土壤中吸收大量的养分，如何维持和进一步增加土壤养分的储量，以及土壤改良中的重要问题，有机肥的施用对此起着非常重要的作用。有机肥中含有各种农作物所需的营养元素。施入土壤后，在微生物的作用下，可以不断释放，供农作物吸收利用，尤其是补充农作物微量元素。有机肥施入土壤分解后，会产生各种有机酸和碳酸，提高土壤中磷的有限性。此外，有机肥料在土壤中很难以提高能量。.
生物有机肥的应用更加灵活。生物有机肥中氮、磷、钾含量相对较低，一般在5%左右，养分含量有限。其主要功能是改善土壤，保持土壤健康。因此，生物有机肥可以作为基肥.种肥.追肥施用不会产生任何不利后果。 因此，虽然生物有机肥是一种新型的有机肥，但其应用与传统的有机肥施用差别不大。只要我们注意到这些点，就会有一定的应用效果。
