有机肥也是作为底肥被广泛应用，大量长期连续使用氮肥会造成土壤退化，主要表现在土壤酸化、钙镁淋溶量加大，土壤结构破坏，土壤中养分含量不平衡以及对生态环境的污染等方面，而施用有机肥可以减缓上述过程，菜地施用了没腐熟的有机肥，腐熟中的有机肥会产生大量的有机酸、氨气、硫化物和二氧化碳等，达到一定量时会致蔬菜枝、叶、花、果等中毒，引起落叶、落花、落果和枝茎萎凋等，严重的根系会因烧根而腐烂，引起植株凋萎或枯死。
有机肥与化肥配合施用，可大大提高二者的肥效、持效性和蔬菜的产量、品质等，用有机肥作追肥，腐熟对水人畜粪尿水和对水沼液zui好，其它有机肥次之，有机肥的简易腐熟方法：猪牛粪等有机肥不要随便堆于室外自然发酵，这样发酵慢而不完全，养分损失大，有机肥要堆积密闭发酵，以保证腐熟速度和质量，生长中的蔬菜有机肥施用过量或施用没腐熟有机肥的，要尽快将部分或大部分肥连同土壤从根部扒开，接着连续浇大水2～3天，有很好的缓解肥害的作用。
已发生肥害的蔬菜，受害较轻的，通过采用以上方法，多可得到解救，肥害发生重的蔬菜，是不可逆的，不要解救，要全部拨除，过些天改种其它蔬菜，有机肥区别于化肥，有机肥的原材料主要来源于大自然，可谓是“取之于自然，用之于自然”，营养丰富；而化肥是通过化学制剂合成，可谓“无中生有”，养分单一，什么是有机肥，广义上讲：俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物为原材料组成，如人畜、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
