自然发酵法很简单，将猪粪混合加入秸秆堆放在一起，浇上水。然后覆盖上塑料薄膜进行自然发酵，这是利用高温，将猪粪中的病菌杀灭。也可以在猪粪中加上多菌灵、福美双等杀菌剂，杀灭病菌。在发酵时，将薄膜和猪粪间保留一点缝隙，使微生物能大量繁殖，促进发酵。 猪粪自然发酵成有机肥的时间较长，一般需要两三个月的时间，等到没有臭味，变成褐色肥料之后，才算发酵完成。如果使用没有完全腐熟的猪粪，可能会出现烧根等肥害，增加病虫害的发生。
猪粪发酵成有机肥可以用生物发酵方法，需要的原料有猪粪、发酵剂、玉米面、秸秆等。将需要腐熟的猪粪倒入田间摊开，然后加上适量的花生秸秆。加上秸秆能调节有机肥中的碳氮比，提高透气性。 在发酵时，加入生物菌剂，它的作用是为了促进发酵，能快速腐熟。不同的发酵剂的用量也不同，农户可按照要求的用量使用。生物菌剂和玉米面混合均匀，玉米面的作用是提供微生物活动的载体，有利于微生物的繁殖，加快发酵速度。
猪粪和秸秆混合之后，将混合好的生物菌和玉米面撒到上面，然后浇水，猪粪较干时，可以增加水的用量，猪粪含水量大时，就可以少用水，最后堆闷沤制成有机肥，堆沤的面积和长度不受限制。经过发酵两三天之后，再进行翻一遍。 猪粪发酵时，加上有机肥发酵剂，能节省发酵时间，大概7~10天的时间就能发酵好，适合大量的猪粪处理，发酵速度快，而且还能防止猪粪腐熟不彻底。
