我们一般要选择一些秸秆或者一些粮食下脚料，或者一些油类、豆粕类、花生粕类的含有植物蛋白的这类原料所生产的有机肥，这种有机肥经过高温和无害化处理，本身就有一个很强的螯合作用，进入到土壤以后，能够养活大量的微生物，而且可以直接供给作物营养吸收，同时这些有机质是多种复合酸的合成，可以螯合土壤中大量的元素，所以使用这种有机肥的时候，可以解决土壤一个微环境的问题，同时也能解决作物地上部生长的生理变化问题，并且能够持续的改良土壤，生产出优质的农产品。
zui后，有机肥设备的有效活菌数，没有足够的有效菌，就谈不上生物菌肥，有机肥的成型、干燥系统就是活菌数量的保证，所以，用来生产有机肥的物料必须要完全发酵腐熟，有机肥料的种类繁多，来源较为广泛，涵盖平常农户经常用到的厩肥、堆肥、沼气肥和人粪尿等，所以也被称为农家肥，有机肥可以改良土壤、增强土壤的保肥能力；有机肥中的有机质和微量元素，为作物的生长提供所需营养，提高农产品的品质；有机肥和化肥配合施用，二者相互促进，提高肥料的利用率，利于农作物对养分的吸收。
就目前有机农业生产来说，首先对于城市垃圾和城市污泥，包括含有一些重金属类的工业化的未经高温或者无害化处理的作为原料的有机肥，我们应该排除在外，有机肥生产工艺主要有完全发酵和半发酵两种，主要看是否经过了高温灭菌过程，然后才能判断是否经过了无害化处理，粉状有机肥的检验方法是，直接把粉状有机肥放在一杯水里，如果是漂浮的，那么就是一个合格的有机肥，如果直接下沉，那么这个有机肥就可能有问题，因为有机质要比水轻。
