磁分离技术处理废水存在如下的技术难度和局限性：介质的剩磁使得磁分离设备在系统反冲洗时，难以把被聚磁介质所吸附的磁性颗粒冲洗干净，因而影响着下一周期的工作效率，为了提高磁场梯度，必须选择高磁饱和度的聚磁介质，对聚磁介质的选择具有一定的技术困难，且增加运行的费用，利用外加的磁种增强了弱顺磁性或非磁性污染物的磁性，使其通过磁分离得以去除；利用外加的微生物吸附废水中的顺磁性离子，利用磁分离去除离子型顺磁性污染物。
磁分离技术是一项新兴的技术，磁分离技术是利用磁场的作用力将具有不同磁性的物质分离开来的物理分离方法，与传统的水处理工艺相比，磁分离技术是一种新兴的净化技术，磁分离技术在废水处理中的应用主要有三种：直接磁选、间接磁选和微生物磁选，磁分离处理废水主要是利用污染物的凝聚性和污染物的增加性，近几年来，在河湖水体修复工程中，磁分离技术以其处理水量大，设备占地少，运行稳定，消除黑臭效果显著等优点，在国内许多工程中得到应用和推广。
城市污染，尤其是偏远的乡镇地区，水污染问题已经不容忽视，乡镇长期缺乏统筹规划造成环境污染问题日趋严重，尤其是城镇污水，这是困扰乡镇生态环境的重大难题，但是如果用超磁分离的话那就好多了，我们可以利用超磁分离将污水中的有害物质分离出来，可以达到水质净化的作用，不仅影响周围居民的生活环境，近年来，人口急剧增加，大量人口的涌入使得城市水资源总量不断减少，地表水系下降且干渠补充水源短缺，还对河道周边的土壤以及地下水造成污染。
