有机肥发酵罐在现代农业中有不可替代的地位，现在有机蔬菜被认为是绿色、无污染的代表，因此有机蔬菜被越来越多的人所接受。但是有机肥开始的原料是不能直接作用于农作物的，因为原料是一些禽畜粪便，其中有病原菌、蛔虫卵等有害生物，所以要对这些原料进行加工处理，才能生产出有机肥。鸡粪、牛粪、猪粪、秸秆、城市污泥、生活垃圾等物料经过发酵处理，制成便于使用的颗粒状有机肥。
用过有机肥，土壤会变得疏松、肥沃，提高土壤质量，促进土壤微生物繁殖，这些有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成，有机肥中的有益微生物还能抑制有害病菌的繁殖，这样就可以做到少打药，如果连续多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省钱、无污染，同时，有机肥料中有动物消化道分泌的各种活性酶，以及微生物产生的各种酶，这些物质施到土壤后，可大大提高土壤的酶活性。
有机肥另外还包括饼肥(菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等)；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等，土壤中的微量元素95%以不溶态形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代谢产物中含有大量的有机酸类物质，这些物质就像在冰块中加入的热水一样，很快就能把微量元素如钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物元素溶解，变成可以被植物直接吸收利用的营养元素，大大增加了土壤的供肥能力。
