甘油三酯主要是在小肠里，经胆汁酸作用，被乳化成细小的胶体微滴;再在胰脂肪酶的作用下，水解成两个分子的脂肪酸和一个分子的甘油单酯，之后被肠道上皮细胞吸收。 由于中链甘油三酯的亲水性比较强，形成的乳化胶体微滴更小，所需要的乳化剂(即胆汁酸)更少，因此更容易发生水解反应。换句话说，中链甘油三酯的消化速度要比长链甘油三酯快中链脂肪酸仅需要几分钟就能直接从肠道上皮细胞吸收，再通过肝门静脉进入血液循环。
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而长链脂肪酸要在肠道上皮细胞里重新与甘油结合成甘油三酯，再与载脂蛋白、磷脂和胆固醇形成乳糜微粒，而后才能经淋巴系统进入血液循环，需3～4个小时才能完成。因此中链甘油三酯比长链甘油三酯吸收更快，是一种能快速提供能量的养分。在肝脏和肌肉组织里，脂肪酸的分解代谢是在细胞的线粒体内进行的。与长链脂肪酸不同，中链脂肪酸不依靠 L-肉硷穿梭系统的运载就能进入线粒体。或者说，它们的分解代谢不受L-肉硷穿梭系统的限制。其结果是中链脂肪酸比长链脂肪酸更容易发生氧化，能随时提供热能而不易被储存。此外，由于中链脂肪酸的链比较短，在没有发生延长碳链的代谢反应前，它们不能作为脂肪细胞的结构材料被使用。
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