针对大家普遍关注的食品安全问题，生物有机肥可以供给一些专门有机质绿色食品的专用基地，生产有机食品，因此，有机肥尤其是生物有机肥今后行情良好，如何提高生物有机肥的效果？生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施，单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性，生物有机肥施入土层不易过深；因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。
随着生物有机肥产品的保存时间延长，有效活菌数会不断下降，把有效期标注太长都是不负责任的，将发酵腐熟的物料进行低温干燥，至含水量≤30%时，停止干燥，粉碎，粉剂产品经检验合格即可进行分装;生产颗粒产品需水分干燥至≤15%，经粉碎，配料、造粒等工序，检验合格后即可计量分装，开发新型肥料，减少能源消耗，是未来肥料发展的方向之一;生物有机肥的原材料相对单一和稳定，原材料价格波动较小，需求是影响市场行情的关键因素。
在生物有机肥中有机质的检测方法上，我国采用重铬酸钾氧化法测定有机质，主要原理是测其中的C含量，然后转化成有机质，但是其中可能会存在一些漏洞，比如用无机碳冒充有机碳，降低生物有机肥的效果，所以需要更新相关的标准，在生物有机肥生产上面，目前还处于相对原始的方法，生产工艺简单，科技含量较低，所以需要注重研究，尤其是在微生物技术上，一些企业夸大生物有机肥的作用，在某些指标上面有所隐藏，使得生物有机肥效果受限。
