另外，水泥打谷场在高温下不会及时翻土，会严重影响水稻种子的发芽率。机械损伤有些品种的种子很薄或者饱满后会有裂籽。在收获和选择性加工过程中，这些品种很容易脱壳成为糙米。由于去除了保护层，这些糙米通常很难发芽，即使能发芽也很难成苗，容易烂在稻田里。此外，如果病虫害严重，防治措施不及时，功能叶或运输通道受损，相应功能降低或丧失，这将导致种胚发育功能缺失。即使能发芽，也是脆弱的，难以成苗。
水稻种子的寿命:种子的寿命与种子的发芽率密切相关。一般来说，如果种子寿命较长，发芽率越高，发芽整齐度越高。反之，发芽率会低，粒间种子寿命差异大，发芽整齐度越差。因此，对于水稻生产中使用的种子，法律规定当种子的发芽率(或寿命)下降到一定水平以下时，就不能作为种子使用。种子的萌发与种子的成熟度、贮藏条件和自身状态密切相关。在种子生产和贮藏过程中，必须高度重视科学管理，确保种子质量。
影响水稻种子发芽的外部因素:水稻种子除了种子本身的内部因素外，休眠状态向发芽状态转化还需要三个重要的外部条件，即水分、氧气和温度。只有科学地协调种子与水、氧、温的动态平衡，才能很好地浸种催芽。水:水稻种子吸水是发芽的第一步，即浸种是促进种子吸水的一个技术措施；干燥后的种子处于休眠状态，只有吸收足够的水分后，种子中的生理生化功能才能逐渐开始。种子吸水有三个作用:一是使种皮膨胀软化，有利于溶于水中的氧气随水渗入水稻种子细胞，增强胚和胚乳的呼吸作用。
