肥料可分为有机肥和无机肥，即农家肥和化肥。有机肥包括动物粪便、饼肥、粪肥、堆肥、石灰和绿肥等。其特点是肥效缓而持久，养分齐全，显著增加土壤有机质，改善土壤结构。 种肥:为避免肥料灼伤种子，种肥施入深度以5-6 cm为宜，种肥与种子的水平距离(横向距离)要适宜，一般为3-5 cm。
追肥:追肥时中药材根系已初步形成。如果用机械追肥，要尽量减少伤根，施肥不要太深，边距要合适。一般情况下，适宜窄行栽培的中药材如薏苡、车前子等的追肥深度应为6-8cm，侧距为10-15cm。适宜广栽的中药材，如金银花、栀子等，宜深8-12厘米，侧10-15厘米。 基肥:基肥施用深度15-20cm或更深。可以先将肥料撒在地表，然后翻耕入土中，也可以在翻耕的同时将肥料施入犁沟中。
此外，还有一些既可以有性繁殖又可以无性繁殖的中草药，如地黄、玄参、芍药、甘草、知母、贝母等中草药。种植中药材时，农民要了解每种中药材的特性，并根据中药材的特性加强管理。 种植中药材时要注意间苗、定苗，尤其是出苗后苗密度较高时。要在子叶出土后3-5天内及时疏苗，剔除过密、过细、有病虫害的中药材苗。当幼苗长到10cm左右时，要及时定苗，密植。
