菜园有机质的多少可以在一定程度上反映土壤肥力；有机质含量高的土壤肥力较高，反之则较低。通常每公斤菜园土有机质含量应不低于20 ~ 30克，高产菜园土每公斤有机质含量应大于50克。红(黄)粘土、水稻土、沙地、山坡等，土壤有机质往往不足或严重缺乏，种植蔬菜时需要多施有机肥。
加重疾病、昆虫和杂草。 未分解的有机肥中有大量的病菌、害虫、虫卵和草籽。如不腐熟使用，会增加菜田病、虫、草基数，加重病、虫、草危害，推高防治难度。未压缩的有机肥是蛴螬、地老虎等的食物来源和合适的滋生地。菜地施用未腐败的有机肥会引来大量这类害虫，根苗、死苗、缺草、断垄的数量会增加40-70%。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
