大部分保护区都是封闭设施，成都环保有机肥在分解过程中释放的大量二氧化碳成为光合作用的重要原料来源。而且多施有机肥可以提高冬季大棚土壤的温度，对于冬季大棚生产暖菜非常珍贵。 长期施用有机肥可以提高植物的抗逆性和抗病性，保持蔬菜生产的高产稳产。
有机肥的简易分解方法。 猪牛粪等有机肥不宜堆在室外自然发酵，这样发酵缓慢不彻底，养分损失大。有机肥要密闭堆放发酵，保障分解的速度和质量。发酵腐熟有机肥时，根据发酵有机肥的需要量，在田间或距离居民区500米以上的地方挖一个大小和深度合适的土坑，坑底和四周铺上厚厚的塑料薄膜，浇上猪牛粪等有机肥并掺入1% ~ 2%生石灰粉或1%尿素，将坑口填平或略高于坑口， 用厚厚的塑料薄膜覆盖堆肥并在周围压实薄膜，猪粪牛粪等在夏季和秋季高温下处理30天。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
