菜园有机质的多少可以在一定程度上反映土壤肥力；有机质含量高的土壤肥力较高，反之则较低。通常每公斤菜园土有机质含量应不低于20 ~ 30克，高产菜园土每公斤有机质含量应大于50克。红(黄)粘土、水稻土、沙地、山坡等，土壤有机质往往不足或严重缺乏，种植蔬菜时需要多施有机肥。
成都蔬菜有机肥既不能用量不足，也不能过量使用。过量施用有机肥导致土壤中铵盐浓度高，导致蔬菜烧根，植物因烧根死亡，生长过快，导致大量落花落果。 用有机肥种植蔬菜，有机肥太靠近根系或有机肥直接接触根系等，会容易造成烧根等肥害。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
