大部分保护区都是封闭设施，成都环保有机肥在分解过程中释放的大量二氧化碳成为光合作用的重要原料来源。而且多施有机肥可以提高冬季大棚土壤的温度，对于冬季大棚生产暖菜非常珍贵。 长期施用有机肥可以提高植物的抗逆性和抗病性，保持蔬菜生产的高产稳产。
有机肥施用不当的主要危害。 影响植物的生长和发育。 土壤中缺少有机肥或有机肥施用量不足，蔬菜植株生长缓慢、身材矮小、生长弱或不生长，形成老弱苗，开花少、结果少、花果多、产量低、品质差、后期过早衰退等。缺乏有机质的菜地，幼苗发根少，根弱而短，根尖发黄但不会腐烂。 有机肥施多了，严重的菜苗会因烧根而枯萎死亡，轻者长势过旺，根多，茎粗，叶大，株间遮荫过多，花多果少，果实成熟延迟，病虫害加重，植株倒伏。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
