有机肥施用不当的主要危害。 影响植物的生长和发育。 土壤中缺少有机肥或有机肥施用量不足，蔬菜植株生长缓慢、身材矮小、生长弱或不生长，形成老弱苗，开花少、结果少、花果多、产量低、品质差、后期过早衰退等。缺乏有机质的菜地，幼苗发根少，根弱而短，根尖发黄但不会腐烂。 有机肥施多了，严重的菜苗会因烧根而枯萎死亡，轻者长势过旺，根多，茎粗，叶大，株间遮荫过多，花多果少，果实成熟延迟，病虫害加重，植株倒伏。
土壤环境恶化。 乐山有机肥施用过量或不完全，会超过土壤中微生物分解土壤中有机质和有害有毒物质的能力，污染土壤和周围环境。同时，有机肥分解会产生大量有机酸、硫化物、二氧化碳、铵盐等有害有毒物质，杀死土壤中的大量有益微生物，烧毁植物根系。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
