大部分保护区都是封闭设施，成都环保有机肥在分解过程中释放的大量二氧化碳成为光合作用的重要原料来源。而且多施有机肥可以提高冬季大棚土壤的温度，对于冬季大棚生产暖菜非常珍贵。 长期施用有机肥可以提高植物的抗逆性和抗病性，保持蔬菜生产的高产稳产。
有机肥的合理施用方法。 土壤测试和施肥。 肉眼很难准确判断蔬菜中的有机质含量。有条件的地方要科学测土，根据测土结果确定有机肥的施用量。如果菜园土壤有机质含量低于4%，应适量施用有机肥作为基肥，连续施用几年。对于土壤有机质含量高于5%的菜地，每年作为基肥施用的有机肥量可适当减少。
冬春低温，发酵50-60天即可分解。牛粪等猪粪密闭发酵时，前期较高温度可达60 ~ 70℃。此外，肥料中的大多数病原微生物、害虫、虫卵、杂草种子等会因密闭发酵造成的缺氧和大量有毒气体而被杀死。 如果有沼气池，可以把未消化的猪、牛、人畜粪便放进去，让它发酵产气，然后用沼渣、沼液给蔬菜施肥，生态环保。
