华南地区雨量充沛，地下水丰富，软土分布广泛，涵洞基础和台背回填对钢波纹管涵洞的整体稳定性和防水性尤为重要。对于整个钢波纹管涵洞，基础应保持均匀的承载力，并避开软地基与岩石地基交叉的基础。如果软基不可避免，应采用优质砂石夯实，以尽量减少全断面位移。基础厚度宜为距钢波纹管涵洞底部80cm左右，用透水性好、粒径分布好的砾石或碎石成型。材料的较大颗粒尺寸不得超过波长的1/2。钢波纹管涵洞台背应回填碎石或碎石，两侧同时回填，压实间隙应小于20cm。当钢波纹管涵因偏压而变形时，应对断面变形进行修正并重新压实。
这种措施还可以增强涵洞的防水功能。对于腐蚀、冲刷严重的场合，除了在外壁增加两层热涂沥青层外，还可以在涵洞内壁包裹一层C25细石混凝土，可以加强涵洞受水流冲刷的能力，保障对涵洞壁的保护。C25细石混凝土的体积配合比为水泥:砂:石= 1: 1.16: 2.93。加水搅拌均匀后，倒在管内壁一定高度的弧形内。浇注厚度比峰值高3cm，可以抹平。细石混凝土附着力强，能满足水流和泥沙侵蚀的要求。另外，也可以考虑在管体内壁铺设复合水泥砂浆钢丝网保护层的方法，要求较小厚度不小于5cm。但是，这种方法很难构造，不推荐使用。
钢波纹管涵基础施工时，基础纵向应留有0.3% ~ 1%的预拱度。埋在一般土质基础上的钢波纹管，经过一段时间后往往会下沉，而且下沉量通常是管道中间大于两端。因此，铺设在路堤下的钢波纹管应设置为中间弯度向上。预拱度一般为管长的0.3% ~ 1%，根据基础可能发生的沉降、涵底纵坡和填土高度，较大不超过2%，以保障管道中间不出现凹陷或滑坡。
